日本对新罗的侵略也在同一时刻进行，390年，日本军围攻新罗的首都金城长达5天，并派使者向新罗奈勿王索要人质，《三国遗事》记录了当时日本使者的说的话：“寡君闻大王之神圣， 使臣等以告百济之罪于大王也，愿大王遣一王子，表诚心于寡君也。”言下之意是，当初百济不听话，我现在讨伐它，希望新罗能以此为鉴，送上一位王子到日本做人质，乖乖向日本称臣纳贡。日本拿百济犯下的所谓的罪过来吓唬新罗，气焰可真是嚣张之极，然而当时新罗的实力毕竟弱小，奈勿王真是无奈，只好把自己仅十岁的小儿子金美海送往日本充作人质，不仅如此在日本的淫威下，新罗王还提供了八十船金银珠宝、绫罗绸缎作为供品献给日本统治者，并且以后形成了定制，定期向日本进贡。这样日本不仅控制着任那（伽倻南部地区），而且逼迫百济、新罗朝贡，俨然一副东亚霸主的姿态。

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　　此后，日本就以任那为根据地，更加肆无忌惮地插足半岛事务。百济辰斯王死后，阿华王即位，由于他是在日本的扶植下上台的，所以采取亲日的路线，不断对邻国高句丽和新罗用兵。
　　公元397年，也就在阿华王当政的第六年，百济在与高句丽争夺领土无果的情况下，将目光投向新罗的保护国耽罗国（今韩国济州岛）企图将其吞并，这无疑激化了百济与新罗的矛盾。日本得知消息后，立马积极参与到争夺中来。阿华王不敢与日本翻脸，毕竟这个王位的获得也有日本人的一份功劳，而且出于共同的利益，百济王室与大和朝廷结成了同盟。为巩固联盟关系，阿华王特意将太子扶余映送到日本充当人质，希望和日本共同瓜分新罗的领土。

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　　日本看到送上门的机会，高高兴兴地接受了，对这个扶余映也自然是不敢怠慢，特意把他安排在仁德天皇和其弟弟菟道稚郎子（原应神天皇皇太子）身边，精心照顾。有了日本在背后撑腰，阿华王变得是更加飞扬跋扈。公元399年百济和日本联合攻击新罗，几乎占领了新罗全境，其国内到处可见日军肆意横行。新罗国王金奈勿忍无可忍，最终向高句丽求援，此时高句丽在年轻的好太王高谈德的经营之下，国力达到鼎盛，所以对付日本和百济的军队当然是绰绰有余的。

　　公元400年，好太王发兵五万，支援新罗。高句丽军队重点攻打男居城、新罗城等日军集中的城池，而百济由于连年战争，人民纷纷逃往新罗避难，无力组织抵抗高句丽的入侵。日人发现形势不利，担心与高句丽短兵相接，纷纷撤逃。高谈德领军乘胜追击，一路追打日军到任那地区。此时的日军如丧家之犬，被打得狼狈逃窜。这次战争是高句丽与日本的首次正面交锋，而且被记录在了《广开土王碑》上。

　　日本以惨败告终，其势力在任那地区的影响开始缩小。但是日本是不会善罢甘休的， 公元404年，日本卷土重来，再次兴兵攻打高句丽控制下的带方郡旧地（位置大致在今汉江流域），这回再次被高句丽兵赶走，《广开土王碑》记载日军溃败后，高句丽军“斩杀无数”。
　　公元405年，阿华王在面对接踵而来的失败的打击，精神最终走向崩溃，抑郁而终。得到消息的仁德天皇立即派了上百人护送扶余映回国继承王位，是为直支王。百济直支王对日本依旧友好，但是刚即位的新罗实圣王则相当仇视日本，这就使百济无法与日本勾结，更无法单独对抗高句丽。
　　很显然，这一时期高句丽掌控者半岛霸权。公元400年的那场战争后，日本的元气已经大伤，现在又与新罗陷入了新一轮的冲突，在半岛扩张中根本就无所作为。由于有新罗的阻挠，日本越来越难于在半岛伸展拳脚，不过日本是不会轻易罢手的，仍然小动作不断，《日本书纪》载公元407年三月和六月，日本将领田宿祢和贤遗臣率军队分别入侵新罗东边和南边，掠夺走大量人口和财富。为了能东山再起，公元408年，日本在对马岛设立军事基地，厉兵秣马，积蓄力量，还在海上准备了五百艘船只，企图进攻新罗。但新罗很快得到了情报，采取了应对措施，使得日本的进攻计划最终流产。

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　　这一时期，日本在与新罗的争斗中，没占到什么便宜。那么既然军事上无法达到目的，就通过外交途径来实现，大和朝廷希望得到中国的册封来确保自己在朝鲜半岛的既得利益和地位。可偏偏高句丽的好太王（广开土王）对日本的防范甚深，不愿看到日本与东晋建交，派遣军船堵截日本向东晋进贡的通道。
　　直到412年，年仅39岁的广开土王高谈德去世，长寿王即位，情况才发生改变，日本向东晋进贡的道路终于畅通了。在长寿王的默许下，日本使者阿知使主与高句丽使者一同觐见了东晋皇帝，通过这次朝贡日本修复了与高句丽的关系，同时跳过新罗，实现了直接与中国交往的目标。
　　魏晋南北朝时期，日本与半岛三国对中国各割据政权一直朝贡不绝，日本通过这种途径，对外宣示自己在半岛的地位和利益的合法性，南朝诸政权应日本请求赐予其“使持节都督倭、新罗、任那、加罗、秦韩、慕韩六国诸军事、安东大将军”，“使持节都督倭、百济、新罗、任那、加罗、秦韩、慕韩七国诸军事”的头衔。但是中国朝廷的册封大多是政治意义大于实际利益，日本要想获得切实的好处，必须强化它在半岛的军事存在。所以日本一方面不断巩固与百济的传统友谊，另一方面对新罗进行军事骚扰，并且利用半岛三国矛盾搞平衡。例如，公元5世纪百济盖卤王在位期间在积极向南朝刘宋通好的同时，与新罗、日本结盟，与高句丽对抗。469年，盖卤王认为百济的军事实力已足够强大，率军突袭高句丽，并夺回被高句丽侵占的青木岭（今朝鲜开城附近）。

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　　公元472年，盖卤王甚至与北魏接洽，上表声称高句丽一直在欺压百济，希望北魏加以讨伐。但北魏与南朝刘宋的正打得不可开交，哪儿会对半岛的争端感兴趣，只是派出邵安为使者，前往半岛简单调查了一番，并斥责一下高句丽就完事了。
　　百济的行为显然激怒了高句丽。475年，高句丽长寿王高巨连率领3万军队讨伐百济。盖卤王一时不支，情急之下派遣王子文周向新罗求援，新罗慈悲王立即派了1万人马前往营救，但不幸的是这1万新罗兵还未赶到，高句丽就已经攻陷百济国都慰礼城，盖卤王出城在逃往阿且城（今韩国首尔市城东区康壮洞）的时候被高句丽兵杀死。通过这一场战争，高句丽的领土向南扩大到竹岭、乌岭，一直延伸到牙山湾与百济、新罗为界。

　　高巨连的扩张让百济和新罗都受到了极大的震撼，百济被迫把都城南迁到了熊津。迫于高句丽的强大压力，百济、新罗不得不希望借助日本的力量。此时的日本抓住机会，不遗余力地企图将两国纳入到自己的势力范围内，建立一套以日本为中心的封贡体系。新罗、百济不甘心屈服于高句丽的淫威，自然也不会乖乖地对日本俯首帖耳，几方都在进行激烈的明争暗斗。特别是半岛南端的新罗国与日本的矛盾越来越大。