清军到达前，布尔尼就已获知了消息，他布置了三千骑兵列阵于前，并在附近山谷里预先设下伏兵。信郡王鄂礼与图海率兵迎战，令副都统洪世禄率左翼搜山。
　　日期：2021-03-25 17:27:05
　　图海在战前对八旗家奴军做动员讲话：“之前所掠夺的财物都是土庶家里的，不足于被称为宝物。如今察哈尔承元朝之后，数百年的基业，珍珠货宝多的简直无法计算，你们如果能抢到一件。就可以保证终身富贵！”
　　众家奴一听，无不跃跃欲试，踊跃向前。鄂礼和图海率满、蒙古兵向敌发起进攻，察哈尔兵败退，经过山涧时，布尔尼的伏兵发起攻击，重创土默特蒙古兵，清军继续攻击，将伏兵全部消灭。布尔尼亲率大队人马，摆列火器迎战。清军骑兵当头奋击，图海的八旗家奴军最为彪悍，他们争相呼号，以一当百，最先突破布尔尼的阵地，布尔尼逐渐不能抵抗，开始溃败，其部下都统晋津率族人于阵前投降。

　　布尔尼不甘心失败，他收拢溃军，与清军又连续接战两次。清军乘胜冲杀，连续获胜，布尔尼兄弟仅带领三十个骑兵逃跑。兄弟俩逃至扎鲁特境内时，被前来会剿的蒙古科尔沁额驸沙津斩杀。
　　日期：2021-03-25 18:14:15
　　战役结束后，布尔尼的妻子满洲郡主由清军接回北京，回归她的父亲安亲王家。布尔尼扣押的清廷使臣塞棱，带领布尔尼部下佐领五人和三百名士兵，归降清军。
　　布尔尼的叛乱，清军从出兵到平定只用了十八天时间。还有一路叛军是八旗察哈尔。这些人是清初零散归附清廷的察哈尔蒙古，他们没有被安排在布尔尼管理的札萨克旗下，而是被编入八旗察哈尔，游牧于大同、宣化以北一带，由清廷派官员管理。
　　由于世代效忠察哈尔大汗，当布尔尼发动叛乱时，一些八旗察哈尔人也起兵响应。他们不知道布尔尼已经战败身亡，不顾清廷官员的阻拦，毁坏边墙，直奔独石口，想加入布尔尼叛军。圣祖命人招抚八旗察哈尔叛军，告知他们，布尔尼已经战败，如果这些叛军能返回八旗，朝廷可以宽恕他们。很快，这一路叛军也被平息。
　　日期：2021-03-25 19:24:44

　　布尔尼兄弟死后，首级被送至京师，群臣要求悬挂示众。圣祖认为他们是公主所生之子，于心不忍，命人将布尔尼、罗卜藏兄弟的首级尸体，收葬于他们的母亲固伦公主坟旁。布尔尼的父亲阿布奈在盛京被绞死。教唆布尔尼叛清的察哈尔部贵族阿杂里喇嘛等数人逃到科左中旗，被科尔沁卓里克图亲王解送军前，均在军前正法。奈蛮部郡王札木山，跟随布尔尼反清，眼见形势不好，自缚请罪。清廷从宽免死，革去王爵，仍留家人牲畜，令其自谋生路。王位由事先归降清廷的札木山的侄子鄂齐尔继承。

　　经过此次事件，元代以来蒙古大汗的嫡系子孙彻底断绝。察哈尔部作为札萨克旗被取消，其残余人口或是被并入其他蒙古各部，或是被并入察哈尔八旗。
　　日期：2021-03-25 20:15:06
　　清军班师回朝后，圣祖亲率文武大臣到城门外迎接，特命副将军图海至御幄侍坐，问以征战之事。图海进宫陛见时，圣祖责问他纵兵掳掠事，并将大臣弹劾的奏章给他看。图海谢罪说：“以家奴的贫贱，抵御强大的敌人，如果不用财帛引诱壮他们的胆量，如何让他们以死效力？”说罢，拿出自己早已准备好的奏章：臣疏请朝廷抚恤被八旗家奴军劫掠的当地边民，并免除他们的三年粮税。
　　圣祖览奏，大喜，准奏说：“朕也知道你一定会有今日的作为。”事后论功行赏，图海被晋为一等男爵。
　　布尔尼叛乱被平定后，清廷又把主要精力放在陕甘平乱上。圣祖为表彰一部分西北将领尽忠朝廷，特给予晋升新职：授张勇为靖逆将军、加孙思克为左都督、加许占魁为左都督、加王进宝为都督同知；升陈福为陕西提督。

　　日期：2021-03-25 20:44:55
　　四月中，王辅臣派人携带吴三桂授给张勇的札印，再次前去诱降，授张勇为“陕西西路总管兼平远大将军”。张勇既忧外番扰边，又恨吴三桂、王辅臣等祸乱于内，见信后大怒，不由分说，将来使推出斩首。
　　王辅臣又给王进宝送去　 ，劝其归降，遭到王进宝断然拒绝。
　　圣祖已经看出，将来恢复陕甘，必赖张勇、孙思克、王进宝等河西汉将。早在当年二月，甘肃巡抚华善就在上疏中说：王辅臣响应吴三桂，西藩土回也乘机作乱，河西之所以没有沦陷，全都是张勇的功劳，请朝廷授予他便宜行事的权利。

　　此疏正合圣祖之意，圣祖通知兵部、吏部大臣：甘肃省凡总兵以下官员，俱听从张勇调遣、提拔、补授。张勇仍兼管甘肃提督事务，总督不得制约，一切征剿事宜，均由张勇便宜行事。
　　日期：2021-03-25 21:32:05
　　圣祖第一次招抚王辅臣失败后，下决心以武力解决问题。他从陕甘全局出发，认为，欲平陕西诸寇，必先取秦州。秦州位于兰州、巩昌、平凉、汉中等战略要地之间，是四川吴三桂与陕甘王辅臣联合的关节点，若清军夺取秦州，可切断吴、王两军的联系，在军事进攻上可左右逢源，进退有据，使清军操有主动权。
　　秦州城池坚固，欲破此城，非威力强大的红衣炮不可。圣祖命随军参赞海尔图率兵护送红衣炮至秦州。命定西大将军贝勒洞鄂率万余大军进抵秦州城下，城内叛军在万人左右。围城半个多月，到四月下旬，吴将王屏藩、吴之茂率万余人自汉中来救援，从外围向清军展开攻击，城内叛军八千余人蜂拥冲出，意图里应外合，夹击围城的清军。