故事如果由此结束，将是一个宾主双方尽欢而散的结局。
　　袁崇焕突然把脸一沉，厉声责问毛文龙：“本部院奉旨节制四镇，清严海禁，实恐天津、登莱受腹心之患，今请设东江饷部，钱粮由宁远达东江亦便。咋与贵镇相商，必欲解银自往登莱朵买。又设移镇、定营制、分旅顺东西节制，并设道厅，稽查兵马钱粮实数，俱不见允。终不然只管混账过去，费坏朝廷许多钱粮，要东江何用？本部院披肝沥胆，与你谈了三日，只道你回头是岸也还不迟。那晓得你狼子野心，总是一片欺诳欺到底。目中无本部院犹可，方今圣天子英武天纵，国法岂容得你？”

　　语毕，袁崇焕向西叩头，请皇命，下令拿下毛文龙，剥去冠裳。毛文龙陡逢奇变，面临生死关头，拒不认罪，张口申辩，不肯就缚。袁崇焕又大声呵责： “你道本部院是个书生，须知本部院是朝廷一个首将。你这毛文龙有应斩十二罪，你可知么？！兵马钱粮不经查核，夜郎自据，横行一方，专制孰甚，一当斩；说谎欺君，杀降诛顺，全无征战，却占首功，欺诳孰甚，二当斩；刚愎撒拨，无人臣礼，牧马登州，问鼎円下，大逆不道，三当斩；每岁侵饱银数十万，

　　每月给米三斗五升，克减军粮，四当斩；私开马市，潜通岛夷，五当斩；命姓赐氏，不出朝廷走使，舆台滥给札付，犯上无等，六当斩；劫掠商人，夺船杀命，积岁所为，劫赃无算，身为盗贼，七当斩；部将之女收而为妾，民间之妇没而为奴，好色诲淫，八当斩；逃难辽民，不容渡海，给椀（碗）米，令往掘参，畏不肯往，饿死岛中，草菅民命，九当斩；拜魏忠贤为父，迎晃硫、、冕旒像岛中，至今陈汝明一夥，盘跟京师，交结近侍，十当斩；铁山之败，丧军无数，逃窜皮岛，掩败为功，十一当斩；幵镇八年，不复寸土，观望养寇，十二当斩。这都是你的罪案。今日杀了毛文龙，本部院若五年不能恢复全辽，以还朝廷，愿试尚方以偿尔命！”

　　袁崇焕又对毛文龙属下众官道：“毛文龙这十二罪，你们说该杀不该杀，若本部院屈杀了他，你们上来就杀我！”说完，摆出“延颈就戮”的姿态。
　　众官皆相顾失色，叩头哀告。毛文龙明白袁崇焕所列罪状多是实话，他从来没想到此前和颜悦色的袁崇焕会突然变脸，也没有想到他轻视为书生的袁崇焕竟然会有如此霹雳手段。他顿时神颓魄丧，不复能言，只是跪在地上叩头求饶：“文龙自知死罪，只求老爷幵恩”。
　　袁崇焕怒斥道：“你不知国法久了，若不杀你，这一块土，非皇上所有”。
　　随即向西叩头，“请持尚方剑来，”令水营都司赵可教、何麟监斩，令旗牌官张国柄执拿尚方剑，斩毛文龙首级于帐前。分付毛文龙亲人备好棺木，安葬毛文龙尸骸。
　　当时围外的毛文龙亲信兵丁，汹汹欲乱，只是见袁崇焕号令威严，身边亲兵又严阵以待，都不敢轻举妄动。袁崇焕令东江各官来见，说道：“本部院今日只斩文龙一人，以安海外兵民，这是杀人安人。尔各将照旧供职，各复原姓，为国报效，罪不及尔，不必忧疑”。
　　接着开始安排东江善后事宜：
　　将东江兵二万八千分为四协，毛文龙养子毛承禄、旗鼓徐敷奏管、游击刘兴作、副将陈继盛各统一协。毛文龙旧时印信暂由陈继盛代管。
　　命将岛上被毛文龙非法拘禁的商人洪秀等全部释放。
　　布置完毕，袁崇焕下了岛山，上船歇息。刚刚坐定，就听得岛上传来阵阵哭声，原来是东江兵将围在毛文龙尸首之前，放声大哭。毛文龙虽然凶暴跋扈，但对他的义子干孙颇有恩惠，众人见他一朝横死，甚是悲伤。
　　初六日，命各官祭奠毛文龙，袁崇焕亲自到棺前，跪下祭拜说道“昨日斩你，是朝廷的法。今日祭你，是本部院的情”，泪如雨下，各将官俱下泪感叹。初八日，袁崇焕差中军至皮岛取回天启皇帝赐给毛文龙的尚方剑。
　　初九日早，袁崇焕前往旅顺。十二日一早回到宁远。惊心动魄的海上之行终于结束。
　　一回到宁远，袁崇焕马上把督师印信、令旗令牌、尚方剑封存起来，不再处理公务。以表示他未经皇命，擅斩大帅，已是待罪之身。随即给崇祯上本，讲述了斩帅经过，请皇帝责罚。

　　崇祯看后，极其震惊。他没想到袁崇焕如此大胆，未经请示竟以尚方剑杀了声名赫赫的正一品左都督平辽总兵挂征虏前将军印的东江总兵毛文龙。论品级，袁崇焕是正二品，毛文龙是正一品，毛比袁大，轮职权，袁统辖四镇，是毛的上司。袁有尚方剑，但只能斩副将以下，总兵不在尚方剑的斩杀范围之内，何况毛文龙也有尚方剑。要说有权力杀毛文龙之人，放眼大明国只有崇祯一人。袁崇焕斩毛文龙，从组织程序上不合法，属于擅杀。

　　更让崇祯恼火的是，袁崇焕在出海会毛之前的请示中，提到本不打算带尚方剑出海，是账下幕僚周锡圭建议带上以满足东江将吏一睹皇上威仪的愿望，才携剑出海。现从袁崇焕斩毛之后的奏疏中明显看出，出海带剑，早有所谋，正是为了斩毛文龙。袁崇焕显然对皇帝言不由衷。
　　生气归生气，但毛文龙已死，不能复生，目前辽东只能依靠袁崇焕。崇祯稍作沉默之后，六月十八给袁崇焕的请罪奏疏作了批复，曰“毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受。近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，且通夷有迹，犄角无资，掣肘兼碍。卿能周虑猝图，声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。”
　　圣旨不长，并无一字一句责怪袁崇焕擅杀大帅，反而称赞其处置得宜。
　　二十四日，圣旨传到宁远。袁崇焕接旨后，悬着的心放了下来，但精神压力依然很大。这些天，双岛斩帅的一幕一次次在他眼前浮现，纵然胆大如袁崇焕，回想起来，也深知他闯下了滔天大祸。袁崇焕又向崇祯上本，陈述他当日斩帅不得已的苦衷。说毛文龙其罪当诛，但不宜由他袁崇焕而诛。皇上授予他便宜处置之权，是为了方便他领导文武干部。但高级将领的生杀，必须遵照朝廷的命令，这是作为臣子所必须明确的政治大义。摊上毛文龙之事是他的不幸，遇到崇祯这样千古未有之圣明之君又是他的大幸（这里袁督师高兴得早了，遇上崇祯比他遇上毛文龙还要不幸万倍）。

　　最后，袁崇焕说虽然皇上宽恕了他擅杀之罪，他自己可不敢宽恕自己。自他开了此先例，万一以后有人效仿，假公济私，不利国家，他就是千古罪人。那样，即使皇上赦免他于一时，他也难逃于千古。
　　为今之计，只有践五年复辽之约，平灭后金以自赎。功成之日，他将不受封赏以赎斩毛文龙之罪，则万世之下，后人当理解他杀毛文龙是为了国家封疆大事，正如崇祯今日为了封疆大事而不追究他的擅杀之罪。
　　日期：2017-10-28 00:40:21

　　在袁崇焕宣布的毛文龙十二条大罪之中，基本上都有事实依据，但有些是当时的普遍现象，如克扣军饷，非东江一镇特有。还有生活腐化、谄媚魏忠贤、乱发委任状等都罪不至死。倒是两次拥兵闯至登州（第一次是崇祯元年八月），私自与后金拉拉扯扯罪行严重。