这些岛屿多由降金官员驻守，毛文龙一到，当地百姓纷纷揭竿而起，毛文龙一路势如破竹，很快就收复了辽东半岛附近的全部岛屿，最后到达朝鲜，并乘镇江城（今属辽宁省丹东市管辖）空虚，积极寻找内应，最终里应外合，袭取镇江，并活捉了佟养真父子。当时后金汉人当中，李永芳地位最高，然后就是佟养真、佟养性兄弟，再次是刘兴祚，而佟家又是跟爱新觉罗家族通婚最多的汉族外戚，故又有“佟半朝”之称，佟养真的孙女就是后来康熙皇帝的生母，由此可知此次战役对后金高层的震动。

　　毛文龙飞马捷报，并且押送佟养真去京城。明廷举朝轰动，奔走相告、欢呼庆贺，毕竟自跟后金开战以来，只败无胜，此次在后金的后方闹出了不小的动静，而且还有高级战俘。明廷大大封赏了毛文龙，天启小皇帝更是只称呼毛文龙为“毛帅”，而不直呼其名。
　　努尔哈赤得知此事以后大发雷霆，立刻派遣大军征剿，镇江失而复得，毛文龙退入朝鲜。朝鲜虽然不敢得罪后金，但也阳奉阴违，有意庇护毛文龙。时值辽沈大败，百姓纷纷逃难，毛文龙“召集难民，归者甚众”，上向明廷要粮饷，对下厉兵秣马、操练军士，势力渐渐扩大，遂成一方诸侯。
　　后金骑兵虽然可以称雄陆地，但海军不是不行，而是根本没有，所以对毛文龙也无可能奈何。明廷决定加强毛文龙管辖的范围，赐尚方宝剑，并提升为总兵，节制辽东半岛附近所有岛屿的官兵，又派出援军统归毛文龙节制，由他布置辽东半岛的防务，总镇皮岛。毛文龙也不负众望，不仅收复了辽东半岛周边的岛屿，更拿下了位于辽东半岛最南端的旅顺。

　　旅顺是东北地区少有的不冻港，换句话说，这里是在陆地之上，原来默默无闻，但此时随着明清战争的持续升温，明朝开始重视海疆防御，旅顺的地位也逐渐凸显。后金并非没有实力收复旅顺，但却无力防守，因为派多了，派个两、三万人驻守，没有这个实力，派少了，派个几千人，等于给毛文龙当了点心。所以后金兵一到，明兵就撤退，等到后金兵撤退，明兵又到，这样旅顺在努尔哈赤时期始终被毛文龙所掌控。

　　辽东有着漫长的海岸线，辽东半岛更是如尖刀一般直插山东半岛，附近有着众多的岛屿，从这些岛屿出发，可以袭扰后金的沿海地区。毛文龙最拿手的就是偷袭，他知道陆地之上的城池是很难守住的，所以每打下一块地方，杀死、招降城中官兵，救回百姓，带走军械，等到后金大军一到，又遁入海中。形式上跟后金之前的抢劫颇为类似，可谓以彼之道还施彼身。基本做到大打年年有，小打月月有，三天两头出兵，后金不胜其烦，左右为难，因为若救援，则疲于奔命；若不救援，毛文龙又深入内地，后金的损失将更为惨重。

　　日期：2012-09-24 13:08:25
　　努尔哈赤也确实防不胜防。一者辽东海岸线过长，后金根本没有这么多的兵力去防守，只能等毛文龙攻下某处，再出兵驱赶。二者后金也无力打造一支可以跟明朝相抗衡的海军，原因是：没有强大的经济基础，没有造船技术，没有航海人才。毛文龙的存在如同人脚上的鸡眼，你说不去管它吧，人很难受，但死又死不了；要说花大价钱去医治吧，好像又不值得。

　　令努尔哈赤头疼的还不止这些，毛文龙还策动后金辖区内的官员反水，百姓潜逃：后金宽甸的赵游击，抓住了毛文龙派来的奸细曹都司，还有同行人员；刘济宽告发苗一庄私通毛文龙；王之登捕获毛文龙派来的奸细……光史料上记载的就不胜枚举，更何况抓住的是这些，还有没抓住的就更多了，虽然其中有些官员是为了冒功而冤枉别人的，但就连冤枉别人都要说跟毛文龙有关，可见毛文龙对后金政局的影响。这些跟毛文龙暗通款曲，或者根本就是毛文龙派来的奸细当中，级别最高的就是刘兴祚，前面说过刘兴祚的地位是后金汉人中屈指可数的，尽管刘兴祚的反水主要是因为后金政局的内部斗争，但跟毛文龙的积极策动肯定是分不开的。

　　另外托伦山村全村跟毛文龙派遣来的奸细达成密议，准备潜逃。再联系前文所述的辽东百姓发动的大规模暗杀和投毒事件，如果是少量的暗杀和投毒可以理解为辽东百姓自发性的报复，但是规模如此之大，持续时间如此之广，影响如此之深，手段如此专业，连努尔哈赤都被惊动，连连下达了一些让人哭笑不得的命令，就不能再这么理解了。可以肯定的是背后有一股势力在暗中支持，而最大的嫌疑人便是毛文龙。

　　不难想象，毛文龙在后金的后方拥有庞大的间谍机构及其属下的大批谍工，用于策反官员、策动百姓潜逃，加之出兵骚扰，对后金是有相当力度的打击的。兵部对毛文龙的评价是：灭后金不足，但是牵制则绰绰有余。这个话大体上正确，精确说的话应该是：灭后金是不可能的，毛文龙做不到，孙承宗也做不到，从萨尔浒大战以后明朝就不可能消灭后金了，但是防守还是可能的。所以关宁锦防线是能够做到防守，而毛文龙是防不了的，毕竟防守还是要靠大规模兵团正面交锋和固定的城池坚守，不是靠背后捅一刀、打一下就能做到了的，但是从旁支持，牵制后金还是可以的。所以对毛文龙的评价应该是：防后金不足，但牵制有余。

　　可以这么说，如果孙承宗构建的关宁锦防线是正面抗战的战场，而全领关宁锦防线的最高首领就是正面抗战的最高首领的话；那么毛文龙总镇皮岛，其统领的海军和谍工所开辟的海上堡垒则是敌后抗战的战场，而毛文龙则是敌后抗战的最高首领。
　　毛文龙的这种搞法令努尔哈赤像得了神经质一般，整天疑神疑鬼的。经常在公开场合训斥诸汉官做事不够卖力，且心向明国，连李永芳和佟养性都被点名批评了。尤其是李永芳，前面说过，李永芳是最早投降后金的汉官，又是努尔哈赤的孙女婿，一直负责招降汉官、搜捕奸细的事宜，努尔哈赤之前一直对李永芳信任有加，但是经过这一系列事件之后，努尔哈赤对这位孙女婿也开始渐渐地怀疑起来了，下达了上谕专门批评李永芳，言辞极为激烈，揭了李永芳是降臣的老底，又说他私通明朝。李永芳自己被革职，几个儿子被捕，后来尽管恢复了他的官职，儿子也被释放，但是远不如之前那么信任。可见，努尔哈赤被这些事情搞得都气疯了。

　　从上文可知，努尔哈赤早已心神不宁，后金的统治阶级也并非高枕无忧，全国统治秩序一片混乱，军民起义频繁。在这种严峻的形势面前，被称为英明汗的努尔哈赤一点也不英明，他并没有冷静下来思考问题，重新制定政策，缓和民族矛盾，而是一味迷信暴力。
　　问：“很多人聚在一起做同一件事情，一般都能产生足够的笑料，但什么事情很多人聚在一起做，却极度无聊。”
　　答：“堵车。”
　　问：“那么，什么事情很多人聚在一起做，便能让人间成为炼狱。”
　　答：“屠杀。”

　　天命十年（1625年）十月，努尔哈赤下达了屠杀令，命令八旗的官兵将军队开向辖内的各个角落，杀“不从命者”。何为不从命？没准，反正看着觉得像是奸细的，像是要潜逃的就杀，这就是赤裸裸的屠杀了。八旗官兵更是不会放过这个趁火打劫的好机会，家里有点东西的，家里女人漂亮的就全成了奸细了。杀得整个后金国天昏地暗、哭声不绝、血流成河、尸横遍野、十室九空，简直惨不忍睹。然而除了表明当时满族统治者内心的弱小和对自己国力的损伤以外，却什么都改变不了，反而事与愿违。